东西我都装好了| 基于Notion搭建科研实验物品管理体系
2021-06-08 15:13:48 Author: sspai.com(查看原文) 阅读量:274 收藏

东西我都装好了 | 基于 Notion 搭建科研实验物品管理体系

编注:本文是少数派 × tomtoc「东西我都装好了」征文活动的入围文章。本文仅代表作者本人观点,少数派对标题和排版略作调整。

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最近阅读「东西都收好了」系列文章,收获良多,只是感觉大多都介绍的是生活场景中的物品收纳和管理。因此我想和大家分享下科研场景中实验物品、信息及数据的收纳管理,希望能对大家有所启发。

我的专业是医学方向,在平时的科研实验中会涉及到组织、血液、细胞、病毒、细菌等各类生物样本,抗体、细胞因子、培养基等种类繁多的试剂,以及培养皿、离心管等各种实验器材。随着科研项目的开展,积累的各类物品越来越多,而且许多物品都需要特定的储存条件。如果没有进行规范的收纳和管理,不仅会使日常使用时找寻困难,更会影响样品及试剂质量、干扰实验结果、导致实验无法准确重复和溯源。

因此,从进入实验室开始,我一直在尝试不同的方法去管理科研中的各类物品及相关信息,在这个过程中也逐渐摸索出一套基本能满足自己日常科研工作需要的实验室信息管理体系(Laboratory Information Management System, LIMS),从而将科研笔记、实验记录及物品管理整合联系起来。在本文中就先和大家分享下我是如何整理收纳科研实验物品,以及如何通过 Notion 搭建物品管理系统(Inventory Management System, IMS) 管理物品信息的。

对空间制定统一编码规则

我们实验室人员较多,储物空间都是共用的,只是每个人都分配了部分区域,比如 4℃ 冰箱第二层是分给我的位置。但是各个区域都几乎没有明确的标识,大家也经常错放、混放物品。为了能清楚地识别和记录实验室的各个储物空间和具体位置,我制定了统一的空间及位置编码规则,具体如下:

空间编码:英文名称大写首字母+序号,上下层级间以 _ 连接;

  • eg:403 房间(Room)的-20 ℃ 冰箱(Freezer)→ R403_F-20
  • eg:Bench2 的 1 号柜子(Cabinet)→ B2_C1
  • eg:Bench2 -80℃ 冰箱(Freezer)的 82 号冻存盒 → B2_F-80_YS82

位置编码:以二维坐标定位具体位置,其中横坐标为大写字母(行/层),坐标为数字(列);

-80℃ 冰箱冻存架各位置标注
9x9 冻存盒位置示例

通过以上命名规则,可实现对不同空间的统一命名,以及对某一储存位置的精确定位。不仅可清晰标识各空间,也方便在实验记录中规范记录试剂或样品位置,更与下文 Notion 系统中自动生成的位置信息一致,从而连接系统与实物,直观地展示出物品具体位置。

B2_F-80 D2 YS82 C6 → 放在Bench2 -80℃ 冰箱第 4 层第 2 列 YS82 冻存盒里第 3 行第 6 列的细胞

统计现有的空间和物品

为了更清楚地整理和管理实验室的空间和物品,我按房间、储存温度及物品类型三个维度对自己在实验室的储物空间和各类物品进行了梳理。

储物空间

我在实验室的储物空间主要分布在三个房间:Bench2、R403 及 R410。Bench2 中有 4℃ 冰箱、-20℃冰箱、-80℃冰箱,以及架子、柜子、抽屉等;房间 403 中有 4℃冰箱、-20℃ 冰箱及柜子;房间 410 中放有 11 号液氮罐。根据不同房间的具体实验需要,我重新分配了每个空间的储物功能,比如R403是细胞间,那其中的空间就用于保存细胞培养相关的试剂器材。

储存温度

不同的实验试剂、细胞等需要在不同温度下保存,温度是选择储物位置时考虑的首要条件,因此我选择按温度对实验室所有的储物位置进行了梳理,分别是常温(RT)、4℃、-20℃、-80℃ 及 -196℃(液氮)。

物品类型

医学实验涉及到种类繁多的生物样本、试剂及器材,并且即使同一类物品也会有不同批次、不同日期、不同实验条件等各种区别。因此对实验物品进行仔细的分类管理和记录,进而按相应的储存条件正确保存,是实验顺利进行的重要保障。我根据日常的实验需要梳理了涉及到的所有实验物品,并按照这个分类分配了各类物品的储存空间及位置。

对空间进行整理和标识

根据前面制定编码规则,以及梳理的空间位置和物品分类,我逐一整理了所有的储物空间和实验物品,并对空间位置进行划分和标识。

整理物品

我集中整理了各空间放置的所有物品,并丢弃了确定废弃不用的物品(如过期或污染的试剂、条件不符合的样品等)。不过提醒大家整理时重要的试剂或样品即使不要也先不要直接丢弃,可先暂时集中保存在特定的位置(类似电脑的「回收站」),以便某天突然实验或溯源需要时找回;另外丢弃实验物品要注意生物安全、规范处理。对于需保存的物品,统计并记录各物品的名称、货号、日期、位置等信息,以便后期录入系统管理。

划分空间

为了精确定位记录某一物品的具体位置,我按照上文制定的位置编码规则对各个空间进行了位置划分,就是按二维坐标将空间划分为多个区域。

对于这样有间隔、已经分好区的空间,只需确定好横纵坐标起始位置即可。

液氮冻存架分区及定位

而像这样没有分区的整个空间,就需要手动做好间隔分区,比如用纸板做隔板分区(贫穷所迫~🙃 )。

      -20℃ 冰箱抽屉间隔分区

做好标识

在我们实验室各个储物空间如冰箱、液氮罐等都是大家共用的,只是划分不同的区域给个人。这就导致大家经常错放、乱放物品,也难以说清某一物品所在的具体位置,不仅常常无法让他人取到特定物品,有时连自己也记不清、找不到东西具体放哪儿了。因此对各个储物空间做好标识非常有必要。

我是将空间对应的编码名称打印后夹在两层透明胶带中间,然后固定在相应的位置,这样既方便环保(主要还是因为穷没有专业的防水标签打印机~🙃 ),又能防水放酒精还耐低温不易损坏。对于物品比较多的空间,必要时还可以附上储存的物品信息及位置。

 -80℃ 冰箱标识

规范放置

另外我将零散的样品和试剂都整理在了试管架或冻存盒中,这样较整齐、节省空间,更能方便记录位置。因此我也对各个试管架和冻存盒进行了编码和标识,对于专门放置某一类物品的盒子,还可后缀标记备注物品信息。

4℃ 冰箱分区及物品放置

对于日常使用中需经常接触水及酒精、异丙醇等有机溶剂的试管架等,打印粘贴标签容易损坏,所以我直接用油漆笔在架子及盒子上写上了标识及坐标。

而对于不能放置在试管架或冻存盒里的物品,例如大瓶培养基、盒装试剂等,我会放置在上文划分好的特定区域中,并记录区域位置。

基于Notion搭建管理系统

虽然前面已经将实验室的空间位置和各类物品都梳理整理好了,但这远远不够,还需要有专门的系统来记录、管理、查询、引用及追溯各个实验物品的相关信息,即物品管理系统(Inventory Management System, IMS)。我曾经尝试用 Excel 或数据库软件管理实验物品信息,也试过各种电子实验记录软件,甚至试过自己在服务器上搭建开源的 LIMS,但在具体使用中都不尽如人意。直到后来了我开始使用Notion,在熟悉了 Notion 的各系项功能后,我尝试通过 Notion 搭建适应自己日常科研需要的 IMS。之所以选择Notion,是因为其强大的数据库功能能满足繁杂的信息及数据管理,而且通过不同的视图还能在一定程度上实现物品信息的可视化呈现。

系统结构

我利用 Notion 搭建的 IMS 主要由一个总数据库和不同的功能视图(View)构成,其中数据库列表中包含了空间、位置及物品相关的所有信息,而通过对整个数据库不同字段的选择性显示及 Notion的显示设置可配置出不同的功能视图,从而清晰地呈现出相关信息。比如我平时常用到就是空间视图、冻存盒/置物架视图及日历视图。

数据表中的字段主要由物品信息、位置信息、时间信息三类组成,具体如下表所示,其中青色标记的字段信息由系统基于相关信息自动生成,其它的字段在物品入库时记录(红色)或选择(黄色)即可。另外如物品数量较多时也可以批量录入或编辑各字段信息。

对于每一类型的物品,我都配置了特定的内容模板,这样在新建物品时只要点击相应的模板即可快速建立相应的条目,并且对应的图标及通用信息都已自动填充好,只要补充少量个体化信息即可。

功能视图

空间位置视图

我对自己在实验的每一个储物空间都设置了相应的空间视图,在这个视图下可展示该空间内所放置的冻存盒、试管架等容器信息及位置,其中横向为行/层数,纵向为列数,从而与上文制定的二维位置信息相对应。例如,下图中红点单击的即表示在 Bench2 -80℃ 冰箱第 1 层第 1 列放置的 YS81_CEL 冻存盒,并备注有「冻存细胞暂存」等说明信息,点开即可看到盒中存放的细胞,并且细胞的方块与其冻存盒中的实际位置相对应,这样即可直观地可视化展示出实验室各空间中存放的具体物品。

容器视图

为了能对实验物品精确定位,我把各物品都整理存放在了规则的冻存盒、试管架或特定划分的区域中,这样不仅能使各种物品在空间中整齐有序地放置,更能便于利用前述的二维位置编码规则记录位置信息。这个容器视图展示的就是放置在各空间中的冻存盒(Box)、试管架(Rack)、及划分的区域(Zone)。同时,当需要添加某类容器时,也可在这个视图中通过相应的模板快速添加。

物品视图

在这个视图中,可以通过条件(类型、时间、空间等所有字段)筛选直接展示每个冻存盒/试管架/区域中放置的所有物品,并且每一方块的位置与实际位置相对应,可直观地展示存放的具体物品和位置,每个物品条目点开即可查看详物品详细信息。同时,也可以在特定盒子/架子的指定位置批量添加物品,还可直接查询存放某类物品(如细胞因子)的冻存盒情况。

日历视图

在日历视图中可按日期展示每天入库/出库的物品,比如下图中统计 2019 年 9 月各天冻存的细胞。

需要说明的是,以上功能视图都是根据我的日常使用习惯配置的,大家可以通过 Notion 数据库的不同视图和条件筛选配制出满足自己各种需求的个性化功能视图。

LIMS 各部分联动

选择 Notion 搭建 IMS 的一个重要原因就是 Notion 的不同数据库之间可以相互关联,这样就可实现在不同场景中对物品信息的引用。因此,我搭建了由科研日志、IMS、电子实验记录三部分组成的 LIMS,三个系统间可以相互关联、引用,从而将实验中的细胞、试剂、器材等信息与实验记录及数据相互链接,实现从笔记和实验记录中溯源实验材料、从实验试剂中查看相关笔记信息等各种交互。

尚待完善的地方

任何系统都不是完美的,虽然 Notion 搭建的 IMS 系统目前基本可满足我管理实验物品信息的需求,但也还存在一些尚待完善的地方。

备份问题

虽然 Notion 现在国内访问已经可以稳定访问了,但毕竟是基于云端的应用,所有的数据基本都没有存储在本地,因此数据安全和备份是一直是我使用 Notion 时隐隐担忧的问题。目前我采取的办法是定期手动导出整个数据库的 CSV 数据表进行备份。

自动化程度

虽然 IMS 中的某些字段可通过 Notion 的 Formula 功能编写代码自动生成,并且还可以自动提醒物品到期等,但某些稍复杂的信息还是难以自动生成和记录,导致需要手动完成某些重复的操作。

扫码录入

还有一个我希望实现的功能就物品信息的扫码录入和查询,即通过手机扫描试剂包装上的条形码即可在 Notion 中自动录入试剂信息,或者扫码即可查询到相应的位置等信息,但现在还没有找到很好的方式去实现。

可喜可贺的是,最近 Notion 终于宣布开放测试官方 API,通过 API 的接入让我感觉上面的所有问题以后都可以迎刃而解。最近也在着手研究 Notion API 的具体应用,希望未来可借助 API 使 IMS 及 LIMS 的功能更加完善和强大。

其实任何方法或工具都是在使用中发现问题、解决问题进而逐步完善的。我们不能因噎废食,因为某些不足就放弃尝试新的方法工具。恰当的做法应该是先积极上手实践,在具体应用中逐步搭建出适合自己、满足日常需要的体系。

我的 LIMS 体系也是经过很长时间的摸索和改进才比较实用的,在这个过程中也对 Notion 的功能及应用逐渐熟悉。后面想基于不同的科研场景和大家分享 Notion 在科研工作中的一些使用经验和技巧(主要是踩过的各种坑~🙃 ),希望能和更多志同道合的朋友一起相互交流学习。


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